По словам армянских историков, церковь Амараского монастыря была основана Григорием Просветителем в начале IV века. Григорий, который погиб в 338 году во время своей миссии по распространению христианства в Агванке, похоронен в восточной части церкви. В начале пятого века Месроп Маштоц открыл в монастыре Амарас – первую школу Арцаха.

Согласно армянскому историку VII века Мовсесу Каханкатваци, в 489 году царь Араншагик Вачан III строит над забытой могилой Григория часовню и восстанавливает построенную Григорием Просветителем церковь. Начиная с V в. Амарас становится одним из крупных религиозных центров.